Broncoscopia flexível é o principal exame para avaliação interna das vias aéreas, é realizado com ajuda de um aparelho com fibra ótica e ponta flexível, conectado a um sistema de vídeo. O aparelho possui ainda com canal de trabalho, por onde é possível aspirar secreções ou sangue e introduzir pinças ou catéteres. Avalia todo o sistema respiratório por dentro da traqueia e brônquios, mostrando anormalidades ou doenças com precisão. É utilizado não somente no diagnóstico visual, mas também para realização de biópsias e até tratamento de algumas doenças, como a estenose de traqueia, tumores endotraqueais e hemoptise (sangramento da via aérea).
Há alguns anos, o desenvolvimento do ultrassom endobrônquico mudou os parâmetros do estadiamento do câncer de pulmão. Trata-se de um aparelho de broncoscopia com um probe de ultrassom em sua ponta, o que permitiu a realização de biópsias de lesões próximas ao brônquio, e não apenas dentro dele. Novas tecnologias estão em desenvolvimento nesta área de vanguarda.